Pojawienie się technik opartych na wysokoprzepustowym sekwencjonowaniu (NGS) wprowadziło zupełnie nowe możliwości analizy mikrobiomu zarówno występującego w organizmach żywych, jak i środowiskowego. Analiza sekwencji 16S rRNA daje informację nie tylko o obecności w badanym materiale poszczególnych jednostek taksonomicznych ale również o ich obfitości. Poszerzona analiza bioinformatyczna w oparciu o dane taksonomiczne umożliwia identyfikację potencjalnych metabolitów uwalnianych przez różne bakterie do środowiska. W ten aspekt wpisuje się tematyka proponowanego warsztatu. Dotyczy zagadnień związanych z przygotowaniem próbek do analizy składu mikrobiomu oraz doborem odpowiednich odczynników jak również ścieżki analitycznej (bioinformatycznej) opartej na najbardziej znanym i obowiązującym narzędziu: QIIME2. Uczestnicy zapoznali się z problemem oceny jakości badanych próbek, metodami oceny alfa i beta różnorodności. Na zakończenie zostanie pokazana metoda oceny potencjalnych metabolitów. W trakcie warsztatu została przeprowadzona analiza danych pochodzących z realnych zasobów prowadzącego.
Prowadzący:
Dr hab. Łukasz Łaczmański, prof. IITD PAN jest absolwentem biotechnologii na Uniwersytecie Wrocławskim. W 2003 roku obronił doktorat w Zakładzie Biofizyki Instytutu Biochemii i Biologii Molekularnej Uniwersytetu Wrocławskiego. Następnie pracował jako diagnosta laboratoryjny. W latach 2006-2016 zorganizował i prowadził Laboratorium Endokrynologii Molekularnej na Uniwersytecie Medycznym we Wrocławiu. Od 2016 roku jest samodzielnym pracownikiem Instytutu Immunologii i Terapii Doświadczalnej PAN we Wrocławiu, a od 2019 roku kieruje nowo utworzonym Laboratorium Genomiki i Bioinformatyki.
Zajmuje się propagowaniem nowoczesnych metod molekularnych, takich jak wysokoprzepustowe sekwencjonowanie materiału genetycznego (NGS) w diagnostyce medycznej.