Zapraszamy do obejrzenia wybranych fragmentów warsztatów prowadzonych przez prof. Łukasza Łaczmańskiego, które pokazują praktyczny przebieg pracy szkoleniowej z uczestnikami – od wspólnego omawiania jakości danych, przez analizę kolejnych parametrów, aż po interpretację wyników i przygotowanie do dalszych etapów workflow. Nagrania pozwalają zobaczyć zakres poruszanej tematyki, zaś przede wszystkim sposób prowadzenia zajęć: uporządkowany, interaktywny i nastawiony na łączenie analizy bioinformatycznej z właściwym rozumieniem kontekstu biologicznego oraz laboratoryjnego.
Nagrania pozwalają zobaczyć:
- warsztatowy i interaktywny charakter spotkania, w którym prowadzący na bieżąco monitoruje postępy uczestników i odnosi się do ich aktualnego etapu pracy
- praktyczny sposób prowadzenia analizy, oparty na wspólnym przeglądaniu raportów i porównywaniu wyników uczestników z wynikami omawianymi podczas zajęć
- logiczne, krok po kroku wyjaśnianie kolejnych parametrów jakości oraz ich znaczenia dla dalszych etapów analizy
- nacisk na świadomą interpretację danych, osadzoną w wiedzy o materiale biologicznym, organizmie i metodzie przygotowania próbki
- otwartość prowadzącego na pytania uczestników oraz bieżące doprecyzowywanie kwestii technicznych związanych z analizą i stosowanymi narzędziami
- dostosowanie tempa pracy do możliwości grupy, w tym planowanie kolejnych kroków z uwzględnieniem czasu potrzebnego uczestnikom na wykonanie operacji w środowisku analitycznym
- dzielenie się dobrymi praktykami interpretacyjnymi i technicznymi, które pomagają unikać błędów na etapie filtrowania, oceny jakości i dalszej analizy danych
Zakres merytoryczny prezentowanych fragmentów obejmuje:
- wybrane etapy workflow analizy RNA-seq, w tym pracę na danych po imporcie plików, omówienie kontroli jakości oraz przygotowanie do dalszych kroków analitycznych
- ocenę jakości odczytów i interpretację wybranych parametrów jakościowych, w tym znaczenia wskaźników związanych z jakością sekwencji
- analizę i interpretację elementów raportu FastQC, takich jak encoding, total sequences, total bases, sequence length, poor quality oraz %GC
- omówienie znaczenia poprawnego kodowania jakości i sytuacji, w których konieczna jest konwersja danych przed dalszą analizą
- pokazanie, jak interpretacja parametrów zmienia się w zależności od badanego materiału i organizmu, co ma kluczowe znaczenie dla poprawnych wniosków bioinformatycznych
Prowadzący:
dr hab. Łukasz Łaczmański, prof. IITD PAN – naukowiec i praktyk, który łączy doświadczenie badawcze z umiejętnością prowadzenia zajęć w sposób uporządkowany, przystępny i silnie nastawiony na praktyczne rozumienie analizowanych danych.