Narzędzia takie jak AlphaFold, RoseTTAFold czy ESMFold zrewolucjonizowały bioinformatykę strukturalną, umożliwiając przewidywanie struktur białkowych na niespotykaną wcześniej skalę. Jednocześnie coraz większą rolę odgrywają białkowe modele językowe, które pozwalają nie tylko przewidywać strukturę, ale również tworzyć użyteczne reprezentacje białek wykorzystywane w dalszych analizach.
Podczas webinaru uczestnicy poznali praktyczne zastosowania modeli z rodziny ESM (ESM-2, ESM-3, ESM-C oraz ESMFold) oraz nauczą się korzystać z API ESM do przewidywania struktur białek i generowania ich reprezentacji.
Prowadzący:
Dr inż. Paweł Szczerbiak – z wykształcenia fizyk, zajmujący się w swojej poprzedniej pracy badawczej laserami półprzewodnikowymi, ciemną materią, a także supersymetrycznymi rozszerzeniami Modelu Standardowego cząstek elementarnych. Od 2019 roku bioinformatyk, specjalizujący się w problematyce przewidywania struktury i funkcji białek oraz ich reprezentacji. Obecnie pracuje w Sano – Centrum Zindywidualizowanej Medycyny Obliczeniowej oraz na Wydziale Informatyki AGH, gdzie prowadzi zajęcia z podstaw sztucznej inteligencji, równań różniczkowych oraz obliczeń w dużej skali. Główny autor artykułów naukowych opublikowanych w Nature Communications, prelegent wielu międzynarodowych konferencji, a także lider kilku projektów badawczych.